De Mini American Shepherd kent twee basiskleuren: zwart en rood. Deze kleuren kunnen voorkomen met wit en/of koper (tan). Bovendien kunnen zowel zwarte als rode Mini American Shepherds een merlefactor hebben. We noemen ze dan Blue Merle (basis zwart) en Red Merle (basis rood)
Een pup krijgt zowel van vader alsook van moeder een kleurgen mee. De uiteindelijke kleur van de pup wordt bepaald door welke combinatie van dragende kleuren er aanwezig zijn.
Enkele algemene richtlijnen:
- Zwart is dominant over rood
- Een American met twee zwarte genen (zw/zw) is zwart
- Een American met een zwart en een rood gen (zw/r) is zwart
- Een American met twee rode genen (r/r) is rood
Een zwarte Mini American Shepherd kan dus zwart en rood doorgeven. Hij kan echter ook alleen maar zwart doorgeven. Een rode Mini American Shepherd kan alleen maar rood doorgeven.
Als de pup van een ouder zwart krijgt en van de ander rood, dan wordt hij zwart omdat zwart dominant is over rood. Hij kan echter zowel zwart als rood doorgeven aan zijn eigen nageslacht. We noemen dit een Mini American Shepherd met de roodfactor (rf).
Kruisen we nu een zwarte Mini American Shepherd (rf), met een rode, dan is er 50% kans op rode en 50% kans op zwarte pups.
Een zwarte Mini American Shepherd (rf) gekruist met een zwarte American Shepherd (rf) geeft 75% kans op zwarte en 25% kans op rode pups.
Twee rode Mini American Shepherds leveren altijd rode pups op.
Een zwarte Mini American Shepherd gecombineerd met een rode, geeft zwarte pups, mits de zwarte hond geen roodfactor heeft, maw, homogeen zwart is.
Twee zwarte Mini American Shepherds, zonder roodfactor leveren dus altijd zwarte pups op.
Dus, wanneer beide ouders zwart zijn, kun je er alleen door proefparing(en) met een rode Mini American Shepherd achter komen of je Mini American Shepherd de roodfactor heeft.
Wanneer geen van de ouders een merle is, zullen er geen merles in het nest te zien zijn. Als een van de ouders een merle is, heeft elk pup 50% kans om merle te zijn.
Kruisen we nu twee merles met elkaar, dan hebben we 50% kans op gewone merles, 25% kans op zwart/rood pups en 25% kans op “dubbelmerle”. Met deze dubbelmerles is iets aan de hand. Ze hebben namelijk een merlefactor van de vader en een merlefactor van de moeder meegekregen. Het zijn merles met een wit hoofd en vaak grote witte platen op hun lichaam. Negentig procent (90%) van deze pups is blind en/of doof.
| X | Blue-Merle | Blue-Merle/R | Black-Tri | Black-Tri/R | Red-Tri | Red-Merle |
| Blue Merle | Verboden | Verboden | Blue-Merle, Black-Tri | Blue-Merle, Blue-Merle/R, Black-Tri, Black-Tri/R | Blue-Merle/R, Black-Tri/R | Verboden |
| Blue-Merle/R | Verboden | Verboden | Blue-Merle, Blue-Merle/R, Black-Tri, Black-Tri/R | Blue-Merle, Blue-Merle/R, Black-Tri, Black-Tri/R, Red-Tri, Red-Merle | Blue-Merle, Blue-Merle/R, Black-Tri, Black-Tri/R, Red-Tri, Red-Merle | Verboden |
| Black-Tri | Blue-Merle, Black-Tri | Blue-Merle, Blue-Merle/R, Black-Tri, Black-Tri/R | Black-Tri | Black-Tri, Black-Tri/R | Black-Tri/R | Blue-Merle/R, Black-Tri/R |
| Black-Tri/R | Blue-Merle, Blue-Merle/R, Black-Tri, Black-Tri/R | Blue-Merle/R, Black-Tri, Black-Tri/R, Red-Tri, Red-Merle | Black-Tri, Black-Tri/R | Black-Tri, Black-Tri/R, Red-Tri | Black-Tri/R, Red-Tri | Blue-Merle/R, Black-Tri/R, Red-Tri, Red-Merle |
| Red-Tri | Blue-Merle/R, Black-Tri/R | Blue-Merle/R, Black-Tri/R, Red-Tri, Red-Merle | Black-Tri/R | Black-Tri/R, Red-Tri | Red-Tri | Red-Tri, Red-Merle |
| Red-Merle | Verboden | Verboden | Blue-Merle/R, Black-Tri/R | Blue-Merle/R, Black-Tri/R, Red-Tri, Red-Merle | Red-Tri, Red-Merle | Verboden |